基因检测小助手 发表于 2023-9-12 13:02:29

【基因检测,人人可及】基因检测百问百答之MET检测

本帖最后由 基因检测小助手 于 2023-9-12 13:04 编辑

MET基因异常是非小细胞肺癌中非常重要的少见驱动基因形式,近年来MET基因检测成为非小细胞肺癌患者的重点关注的检测对象之一。首先,MET14跳突的肺癌患者有可及的获批靶药赛沃替尼,其次MET基因扩增是EGFR-TKI和ALK-TKI靶向治疗重要的耐药机制之一,MET基因扩增的晚期肺癌患者可从MET抑制剂治疗中获益。然而MET基因异常类型多样,检测方法众多,不同方法各有优缺点,如何使患者能够从MET抑制剂治疗以及靶向耐药后的治疗方案中最大程度获益,准确、快速、恰当的使用MET基因检测方法至关重要。

MET基因突变检测什么?
MET 14跳突在NSCLC发生率是3%~4%,在肺肉瘤样癌(PSC)中占较高的比例是4.9%~31.8%。晚期NSCLC患者强烈推荐进行MET 14跳突检测,除此之外,晚期初治和EGFR-TKI耐药后 NSCLC患者推荐进行MET基因扩增检测。可见,MET准确检测是筛选 MET 抑制剂靶向治疗获益的前提。
MET14跳突是肺癌MET驱动基因突变的主要形式,除此之外还包括点突变、扩增和融合,14跳读突变包括经典跳读突变(ex14完全缺失)和非经典跳读突变(部分缺失/突变,导致功能改变),目前已有大于500种MET ex14变异类型。


MET基因突变怎么测?
(1)MET 14跳突怎么测?
MET 14跳突可使用RT-qPCR、DNA二代测序或RNA二代测序进行检测,不同检测方法各有其优缺点,必要时可相互验证或补充检测。
RNA二代测序或qRT-PCR直接检测mRNA水平的MET 14跳突,但对于一些与MET 14跳突功能相似的、特殊且罕见的 MET 变异形式,如Y1003位点氨基酸改变(约占总体阳性的2%)或缺失会漏检。
DNA二代测序更好在DNA水平上检测可能导致MET第14号外显子剪切的基因变异。MET 基因探针覆盖范围不够可能导致基于DNA的二代测序发生漏检,建议二代测序检测应尽量涵盖第14号外显子外的如第13或14号内含子上可能发生剪切变异的区域。

(2)MET 扩增怎么测?
MET基因扩增的检测方法目前主要包括FISH、二代测序等。
FISH常用于MET扩增检测,是业内公认的组织c-MET基因扩增检测的金标准。FISH即荧光原位杂交技术,以荧光探针标记MET基因和7号染色体着丝粒数,计算MET拷贝数及比例,可以直接观察到单个肿瘤细胞的MET扩增状态。但FISH 检测 MET 基因扩增尚无统一的判读标准,目前主要参考 UCCC 标 准 和 Cappuzzo 标准。当MET/CEP7≥2时,判断为局部扩增;当MET GCN≥5且 MET/CEP7<2时,判断为多体。
DNA二代测序方法可以基于测序深度和特定位点变异频率等信息对检测MET基因拷贝数变异进行计算,首选肿瘤组织样本或细胞学样本。相较于FISH,二代测序可同时检测MET扩增、MET突变和融合等其他变异,且能实现多基因共检,在临床实践中应用更广。但使用NGS检测时重点关注。肿瘤纯度和测序深度两个指标,因为肿瘤纯度不够和深度深度不足(组织标准深度500X)可能影响检测结果的准确性。

综上,晚期NSCLC MET检测首选肿瘤组织/细胞学样本,采用包括MET的多基因联检平台(RT‑qPCR或二代测序)检测MET14跳突,DNA二代测序检测结果阴性时,可考虑采用RNA样本补充检测;晚期NSCLC患者尤其是EGFR-TKI耐药后患者推荐FISH检测MET基因扩增。当组织/细胞学样本不可及时,可选择液体活检样本进行MET 14跳突检测。

准确、快速检出MET基因突变是NSCLC实施MET抑制剂靶向治疗以及靶向耐药后选择治疗方案获益的前提。我们在考虑治疗前,需要结合病情和临床诊治需求综合考虑进行基因检测。

基因检测小助手 发表于 2023-9-14 22:27:11

2023最新研究中比较组织了NGS、FISH、ctDNA NGS检测一、二、三代EGFR-TKI治疗耐药疾病进展的患者MET扩增分析的一致性。
结果显示:1. 组织NGS与FISH检测总体一致性为83.6%(56/67)。与FISH相比,组织NGS在MET扩增检测中的敏感性和特异性分别为66.7%(14/21)和91.3%(42/46)。对于MET局部扩增,组织NGS的敏感性为78.6%(11/14),特异性为100.0%(42/42),与FISH一致性为94.6%(53/56)。对于MET多体,组织NGS的敏感性为42.9% (3/7),特异性为91.3%(42/46),与FISH一致性为84.9%(45/53)。
2. ctDNA NGS检测与FISH相比,在MET扩增检测中的敏感性为14.3%(3/21,三者均为MET局部扩增),特异性为100.0%(46/46)。
结论:与FISH相比,组织NGS在EGFR-TKI耐药NSCLC患者中MET扩增检测方面显示出了良好的一致性,灵敏度达70%左右,特异性达90%。ctDNA NGS在MET扩增检测方面的敏感性仍需进一步优化和提高。
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